โรงพยาบาลพนาได้เริ่มดำเนินการด้านการแพทย์แผนไทยมาตั้งแต่ พ.ศ. 2536 โดยการริเริ่มของ ท่านนายแพทย์สุเมธี  เชยประเสริฐ  ผู้อำนวยการโรงพยาบาลพนาสมัยนั้น และได้ทำพิธีเปิดเป็นศูนย์แพทย์แผนไทยอย่างเป็นทางการ  เมื่อวันที่ 3 สิงหาคม 2543  โดย นายแพทย์พหล  วงศาโรจน์ ผู้ตรวจราชการกระทรวงสาธารณสุข เขต 7 สมัยนั้น ซึ่งได้ตระหนักถึงความสำคัญและคุณค่าของการแพทย์แผนไทย     จึงได้นำเอาระบบการแพทย์แผนไทยเข้าผสมผสานกับระบบการให้บริการผู้ป่วยในโรงพยาบาล  เพื่อให้ประชาชนได้มีทางเลือกในการรักษาเบื้องต้น ลดปริมาณการใช้ยาแผนปัจจุบันเกินความจำเป็นเพื่อให้ประชาชนรู้จักการพึ่งตนเองในการดูแลรักษาสุขภาพอันเป็นการอนุรักษ์ภูมิปัญญาและสมุนไพรไทยไม่ให้สูญหาย  

พ.ศ. 2536-2541	โรงพยาบาลพนาได้รับงบประมาณสนับสนุนจากสถาบันการแพทย์แผนไทย และเงินบำรุงจากทางโรงพยาบาล  จัดอบรมการนวดแผนไทยให้เจ้าหน้าที่ของโรงพยาบาลและหมอนวดพื้นบ้านที่สนใจรวมทั้งส่งเจ้าหน้าที่โรงพยาบาลพนาไปศึกษาหลักสูตรประกาศนียบัตรการแพทย์แผนไทย หลักสูตร 2 ปี ที่วิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแพทย์และสาธารณสุขและก่อสร้างอาคารเรือนไทย หลังตึกผู้ป่วยนอก และได้เปิดให้บริการแผนไทยครบวงจร ทั้งนวด อบ ประคบสมุนไพร
พ.ศ. 2542	โรงพยาบาลพนาได้ขยายขนาดเป็นโรงพยาบาลขนาด 30 เตียง และได้ย้ายไปตั้งในพื้นที่แห่งใหม่ ส่วนพื้นที่เดิมได้ถูกปรับปรุงสถานที่ให้เป็นที่ทำการของงานแพทย์แผนไทย
พ.ศ.  2543	นายแพทย์สุรพร   ลอยหา  นายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดอำนาจเจริญสมัยนั้นมีนโยบายให้สถานีอนามัยและโรงพยาบาลทุกแห่งในจังหวัดอำนาจเจริญ ใช้ยาสมุนไพรในสถานบริการโดยเฉพาะสมุนไพร 2 ตัวหลักที่อยู่ในบัญชียาหลักแห่งชาติคือ ฟ้าทะลายโจรแคปซูล และขมิ้นชันแคปซูล และให้ศูนย์แพทย์แผนไทยพนาเป็นแหล่งผลิตยาสมุนไพร สนับสนุนให้กับโรงพยาบาลและสถานีอนามัยทั้งจังหวัด เนื่องจากมีความพร้อมเรื่องสถานที่และอุปกรณ์การผลิตซึ่งส่วนใหญ่ได้รับการสนับสนุนจากสถาบันการแพทย์แผนไทย
พ.ศ.  2551	ภายใต้การนำของ นพ.ปฐมพงศ์ ปรุโปร่ง ผู้อำนวยการโรงพยาบาลพนา ได้ดำเนินการปรับปรุงโครงสร้างการบริหารงานของศูนย์แพทย์แผนไทยให้เหมาะสมกับการเปลี่ยนแปลงของยุคสมัยฃ ปรับปรุงโครงสร้างอาคารสถานที่ รวมทั้งระบบการบริการ ประกอบกับได้รับการสนับสนุนอย่างดียิ่งจากท่าน ดร.นพ.ไพศาล  วรสถิตย์ นายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดอำนาจเจริญ ในการส่งเสริมการดำเนินการของศูนย์แพทย์แผนไทยพนาเพื่อก้าวสู่การเป็นผู้นำด้านแพทย์แผนไทยระดับประเทศ และระดับนานาชาติ และสนับสนุนให้สถานบริการด้านสาธารณสุขทุกแห่งในจังหวัดอำนาจเจริญได้มีการใช้ยาสมุนไพรและมีบริการด้านแพทย์แผนไทยได้อย่างทั่วถึง